René Goupil est baptisé le 15 mai 1608 à Saint-Martin-du-Bois près d’Angers, France, très probablement par le curé lui-même, Messire Geoffroy Moreau. Il est le fils de Luce Provost et Hypolite Goupil.
À cause de la mortalité infantile élevée du temps, la naissance est probablement survenue à peine quelques heures auparavant à la maison familiale du Grand-Oncheray.
On ne sait rien de la jeunesse de René Goupil, jusqu’à son entrée au noviciat jésuite de Paris à l'âge de 31 ans.
Où a-t-il fait ses études? À Angers dont les collèges n’auraient pas trop bonne réputation? Il serait aussi possible qu’il soit devenu pensionnaire au nouveau Collège royal de La Flèche où, sur la demande expresse du roi Henri IV, les Jésuites enseignent à la jeunesse de France la grammaire, la rhétorique, la philosophie, les mathématiques et la théologie… de préférence en latin.
Où a-t-il appris sa chirurgie? Il serait possible que René Goupil ait reçu sa formation de chirurgien à Angers même, qui possède alors une faculté de médecine, une communauté de chirurgiens et l'hôpital Saint-Jean. Il serait allé à Orléans lors de son Tour de France en tant que compagnon-chirurgien. Ou bien, il serait possible que la ville d'Orléans se soit chargée de cette formation grâce à ses grand hospital et Maisondieu et Collège de maîtres chirurgiens. Quoi qu'il en soit, un événement est nécessaire: il devrait être allé à Orléans.
D’ailleurs, c’est là que René Goupil serait devenu le camarade de celui qui le remplacera en Nouvelle-France après sa mort, François Gendron, un autre jeune Chirurgien bien versé dans son art et bien connu dans l’Hôpital d’Orléans, où il a donné des preuves de sa vertu et de sa suffisance.
Deux faits sont certains : lors de son entrée au Noviciat jésuite de Paris le 16 mars 1639, il sait lire et écrire et il est déjà chirurgien.
À cause de ses indispositions corporelles dont une surdité, René Goupil doit quitter le noviciat après y avoir demeuré quelques mois avec beaucoup d’édification.
Mais il conserve toujours un grand désir de se consacrer au service de Dieu en sa sainte compagnie de Jésus.